2018年6月，重庆市卫计委办公室转发了国家卫健委办公厅、国家中医药管理局办公室《关于开展制定医院章程试点工作的指导意见的通知》，要求各医院加强统筹谋划和组织协调，积极有序推进制定医院章程试点工作。重庆三峡中心医院高度重视，根据文件要求立即组织成立章程起草工作领导小组，历时5个月，先后5次召开专题会，反复调研、讨论、修改、审定，易稿26次，不断总结、提炼医院科学合理的运行和治理机制，完成医院章程编撰，经院长办公会、党委会、职工代表大会审议通过，作为重庆三峡中心医院依法自主办院、实施管理、履行公益性的基本纲领和工作准则。
医院章程共10章、128条、1.57万字，内容涵盖医院性质、办医宗旨、功能定位、管理体制、组织结构、决策机制、运行管理、举办主体的权利与义务、医院的权利与义务、员工的权利与义务、监督机制、文化建设、章程产生程序等方面的内容，明确了医院内部管理组织结构、议事规则和办事程序等。
一是高度重视，压实责任。成立党政一把手“双组长”负责医院章程起草工作领导小组，由党委书记、院长同时担任领导小组组长，上级主管部门代表、院领导班子成员担任副组长，成员为医院各类专业委员会负责人、各分院院长、各职能科室负责人、行政医护人员代表。
二是依据充分，内容严谨。依据相关法律法规、政策文件，以市卫计委下发的章程模版为蓝本，经过大量深入调研和分析论证后，慎重开展章程起草工作，既具理论支撑，又具实证依据，确保内容严谨规范。
三是统筹规划，分工协作。结合医院实际，规划出章程的基本框架，明确起草过程中各职能科室、分院的职责分工。
四是创新理念，确定目标。将医院院训“仁爱、厚德、精医、敬业”、医院宗旨“敬佑生命、服务健康”写入章程。创新将医院核心价值体系作为医院理念，引领全院上下形成共有的价值追求，向建设国家级区域性医疗中心的目标迈进。
五是明确权利，明晰义务。在市卫计委下发的章程模版基础上，新增党委书记、纪委书记、工会主席的权利与义务，院领导班子成员根据集体的决定和分工，切实履行职责，互相支持和互相监督。
六是健全机制，规范决策。制定医院会议类型及规则，厘清集体决策形式的程序及内容；充分发挥专家作用，各专业委员会对专业性、技术性强的决策事项提供技术咨询和可行性论证，不断规范医院自主管理科学管理、民主管理。
七是突出重点，彰显特色。深入分析医院的特色与需求，总结医院改革创新的实践经验，新增条款29项，重点突出医院在人力资源、医疗、科教、护理、医院感染、健康和环境、信息、财务资产、医保、药事、后勤、医学装备、安全稳定等13个方面的管理职能。
八是集思广益，严格程序。广泛征求医院在职职工、离（退）休老同志、主管部门的意见，充分吸收有益建议、多次召开专题工作会反复进行修改，按程序报院长办公会、党委会、职工代表大会审议通过后，送区卫生计生委备案。